Séquencer le génome pour dépister toutes les maladies génétiques rares…

En France, plus de 7 000 maladies rares sont identifiées à ce jour. Elles touchent plus de 3 millions de personnes, dont la moitié sont des enfants de moins de 5 ans, et elles sont responsables de 10 % de la mortalité chez les enfants de 1 à 5 ans. Le diagnostic de ces maladies est souvent complexe et peu de traitements sont disponibles. Pouvoir dépister ces maladies dès la naissance représente un enjeu de santé publique important pour prendre en charge précocement les enfants concernés.


Le dépistage néonatal en France de 13 maladies rares

Le dépistage néonatal mis en place en France permet de dépister à la naissance 13 maladies rares  :

  • La phénylcétonurie ;
  • L’hypothyroïde congénitale ;
  • La mucoviscidose ;
  • Le déficit en MCAD (Medium-Chain-Acyl-CoA Déshydrogénase)) ;
  • L’homocystinurie ;
  • La leucinose ou maladie des urines à « odeur de sirop d’érable » ;
  • La tyrosinémie de type 1 ;
  • L’acidurie isovalérique ;
  • L’acidurie glutarique de type 1 ;
  • Le déficit en 3-hydroxyacyl-coenzyme A déshydrogénase des acides gras à chaîne longue ;
  • Le déficit primaire en carnitine ;
  • La drépanocytose ;
  • La surdité permanente néonatale.


Les progrès de la biologie moléculaire et de la génomique permettent aujourd’hui d’entrevoir l’élargissement de ce dépistage néonatal à davantage de maladies rares.


Le séquençage du génome pour détecter des centaines de maladies rares !

Désormais, il est possible de séquencer le génome humain. Une technologie qui élargit le champ des possibles en matière de dépistage néonatal. Mais est-ce réaliste ? Pour le savoir, des chercheurs et des médecins de l’Université Columbia de New York ont développé le projet Guardian, avec l’objectif de séquencer le génome de 100 000 nouveau-nés sur une période de 5 ans. Des premiers résultats viennent d’être publiés dans la revue scientifique JAMA.

Dans cette étude, les chercheurs se sont interrogés sur l’intérêt et la faisabilité d’un tel dépistage basé sur le séquençage du génome. Au total, 4 000 nouveau-nés ont été inclus dans cette étude, mais seulement 72 % des parents ont accepté que le génome de leur enfant soit séquencé pour identifier l’une des 156 maladies génétiques rares recherchées. Pour les familles qui ont donné leur accord, le taux de positivité à l’une des maladies testées était de 3,7 %. Une maladie génétique rare, non recherchée par le dépistage néonatal actuel, a été retrouvée pour une vingtaine d’enfants, notamment :

  • Le nanisme ;
  • Le syndrome du QT long ;
  • Un déficit immunitaire sévère.


Les chercheurs sont désormais capables de rechercher 400 maladies génétiques rares, contre seulement 156 en 2022. Les chercheurs élargissent le nombre de maladies recherchées, uniquement lorsqu’un traitement devient disponible. Pour les parents et les enfants concernés, ce dépistage élargi permet de :

  • Limiter les errances diagnostiques et thérapeutiques ;
  • Traiter précocement les enfants touchés ;
  • Réduire les risques de complications.


Vers une évolution du dépistage néonatal en France ?

La France dépiste aujourd’hui 13 maladies rares dès la naissance, grâce au test de Guthrie. Initialement, ce test, qui consiste à prélever une goutte de sang au nouveau-né au niveau du pied, avant sa sortie de la maternité, ne détectait que 5 maladies génétiques rares. L’essor de nouvelles techniques d’analyse a permis ces dernières années d’élargir à 13 maladies rares à partir du même prélèvement de sang.

Le dépistage néonatal en France pourrait prochainement s’étendre à la recherche d’autres maladies. L’intérêt des nouveaux dépistages est évalué par la Haute Autorité de Santé (HAS), qui émet régulièrement des avis sur ce sujet. Plusieurs maladies ont notamment fait l’objet d’un avis de la HAS ces dernières années, en particulier :


Parallèlement, comme aux USA, des programmes européens ont été lancés pour évaluer la faisabilité d’un dépistage génomique à grande échelle, avec le programme européen Screen4care – auquel participe la France – et le programme Generation Study au Royaume-Uni. Si le séquençage du génome est une technologie désormais accessible à grande échelle, des questions restent en suspens :

  • Des questions éthiques, liées aux données génétiques des nouveau-nés et à l’acceptabilité des familles ;
  • Des questions logistiques et économiques, avec l’organisation et les coûts à prévoir pour le séquençage du génome de tous les nouveau-nés ;
  • Des questions sanitaires sur la disponibilité et l’accessibilité des traitements des maladies rares.


Et sur le plan médical, si la technologie pourrait aujourd’hui permettre de dépister des centaines de maladies rares, il reste encore à découvrir des thérapies efficaces pour chaque nouvelle maladie à rechercher.

Sources

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